云南文山州农村合作医疗的报销比例如下：
- 门诊报销比例 ：
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村卫生室和村中心卫生室：60%
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镇卫生院：40%
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二级医院：30%
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三级医院：20%
- 住院报销比例 ：
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一级定点医疗机构（如村卫生室和镇卫生院）：不设起付线，报销比例为65%
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二级定点医疗机构：
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5000元以下部分：50%
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5000元至10000元部分：55%
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10000元以上部分：60%
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三级定点医疗机构：
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10000元以下部分：45%
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10000元以上部分：40%
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省级及以上医院：50%
- 特殊病种和大病报销比例 ：
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门诊特殊慢性病病种：14种慢性病门诊政策范围内报销比例达到60%，12类特殊病门诊政策范围内报销比例达到70%，其中精神分裂症及尿毒症医疗费用实际报销比例达到90%
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住院医疗待遇：
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一级医疗机构住院平均报销比例由整合前的89%提高到整合后的90%
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二级医疗机构住院报销比例由整合前的75%提高到整合后的80%
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三级医疗机构住院平均报销比例由整合前57%提高到整合后的60%
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大病保险：
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起付线降低50%，由6000元降低到3000元
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报销比例在分段支付标准的基础上再提高5个百分点，最高支付限额为15万元
这些报销比例和限额可能会根据当地政策的变化有所调整，建议咨询当地医保部门或相关医疗机构以获取最新信息。