合作医疗交了两次费用是可以申请退款的，以下是具体的退款流程和注意事项：
一、退款政策概述
根据相关政策和操作流程，合作医疗重复缴费的情况可以申请退款。退款流程需要向当地医保部门或社保经办机构提出申请，并提供必要的证明材料。退款金额将按照实际重复缴费的金额退还。
二、退款流程
确认重复缴费情况
- 通过查询缴费记录或联系当地医保部门确认是否存在重复缴费。
提交退款申请
- 线下申请：携带身份证件及相关证明材料（如缴费凭证）前往当地医保部门或社保经办机构，填写《城镇居民基本医疗保险退保申请表》。
- 线上申请：部分地区支持通过社保局官方网站、手机APP或拨打12366热线申请退款。
审核与办理
- 医保部门会对申请材料进行审核，核实重复缴费情况。
- 审核通过后，相关部门会出具《退款通知单》，申请人凭此通知单办理退款手续。
退款处理
- 退款金额将退还至申请人提供的银行账户。
三、注意事项
所需材料
- 身份证原件及复印件。
- 缴费凭证（如缴费发票或银行转账记录）。
- 《城镇居民基本医疗保险退保申请表》（部分机构提供现场填写）。
退款时间
- 退款办理时间可能因地区和流程不同而有所差异，建议申请人提前咨询当地医保部门以了解具体时间。
特殊情况
- 若因户籍注销、转出等原因不再享受医保待遇，则不办理退费，直接终止医保待遇。
四、补充建议
- 及时联系：发现重复缴费后，建议尽快与当地医保部门联系，以免影响退款进度。
- 保留凭证：缴费凭证是退款的重要依据，请妥善保管。
如需进一步了解退款流程或政策，可参考以下来源：
希望以上信息对您有所帮助！