云南红河社保基数12400元和5000元的区别主要体现在个人和企业需要缴纳的社保费用上，具体如下：
缴费基数
- 12400元基数：没有直接提到12400元作为社保基数的信息，可能是用户输入错误或者是一个假设的数值。通常，社保基数是根据当地上一年度职工平均工资的60%至300%来确定的。
- 5000元基数：根据，2025年红河社保缴费基数最低为4302元，最高为21531元。5000元的基数可能位于这个范围内，但具体是否属于红河州的社保基数范围，需要根据2024年的数据来确定。
缴费金额
- 养老保险：个人缴费比例为8%，企业缴费比例为22%。如果按照12400元为基数，个人缴费约为992元，企业缴费约为2710.8元。如果按照5000元为基数，个人缴费约为400元，企业缴费约为1100元。
- 医疗保险：单位和个人共同承担，个人缴费比例为2%，单位缴费比例为10%。以12400元为基数，个人缴费约为248元，企业缴费约为1240元；以5000元为基数，个人缴费约为100元，企业缴费约为500元。
- 失业保险：个人缴费比例为0.2%，单位缴费比例为1%。以12400元为基数，个人缴费约为24.8元，企业缴费约为124元；以5000元为基数，个人缴费约为10元，企业缴费约为50元。
- 工伤保险和生育保险：由企业完全承担，具体比例根据险种不同而有所差异。
请注意，以上内容仅供参考，具体的缴费金额还需根据当地社保局公布的最新数据为准。