合作医疗交了之后退回的原因可能有以下几种：
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重复缴费 ：如果你已经交了在职职工社会保险，就不能在重复缴纳合作医疗了。这种情况下，重复缴纳的费用会被退回。
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特定人群退费 ：
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建档立卡贫困户：这类人群可以享受新农合不用缴纳仍然享受这一福利，以前缴纳过新农合的可以退回部分或全部费用。
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农村重点优抚对象：包括退伍军人、残疾军人、因公牺牲的军人家属等，他们可以免交这笔费用，但可以享受报销福利待遇，如果以前交过的也可以退回这部分资金。
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农村的残疾人：只有重度残疾人可以享受免交并享受待遇，以前缴纳的情况也可以退回，轻度的残疾还是要缴纳新农合的。
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计划生育特殊家庭：很多老人只有一个孩子，为了照顾他们等到60岁以后，也可以免交新农合而且可以享受新农保的福利，如果缴费也可以退回。
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系统问题 ：有时由于系统衔接、信息回传等原因，已缴纳的费款并没有真正实现入库和划账，而是进行了原路返回处理，导致参保人并没有缴费成功，需要再次缴费。
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操作错误 ：如果在缴费过程中出现操作错误，如交错了年份或金额，也可能导致费款被退回。
建议你根据以上情况，咨询当地的村委会或者居委会负责农作医疗的相关人员，或者直接前往当地社会保险机构咨询具体原因，以便了解清楚并妥善处理退款事宜。