灵活就业人员参加新型农村合作医疗（新农合）的缴费方式有以下几种：
- 线下缴费 ：
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灵活就业人员可以凭本人身份证原件及复印件到市医疗保险局办理申报、登记手续，经审查合格后，办理医疗保险证、卡和专用处本。
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缴费时，灵活就业人员持市医疗保险局加盖核定专用章的《缴费核定单》，直接到市地税征收局纳税大厅缴费。费票由市地税征收局传到市劳动结算中心，市劳动结算中心传到市医疗保险局。
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缴费时间到了，村上干部会组织统一收费，有些直接上门收费，把保费直接交给村干部即可。
- 网上缴费 ：
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微信公众号缴费 ：关注所在地推出的农合公众号，输入个人信息注册，注册成功后，在聊天页面的下方点击找到新农合缴费，点击缴纳即可完成新农合缴费。
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手机APP缴费 ：下载并安装当地人社APP或相关医疗保障类APP，选择新农合缴费功能，按照提示进行操作。
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支付宝缴费 ：在手机上打开“支付宝”应用，选择需要处在的城市之后，在办事大厅栏中选择【医保】，选择【居民医保缴费】进入页面显示案例即可。
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官方网站缴费 ：登录当地卫生健康部门官方网站或官方指定的新农合服务平台，按照提示进行操作。
- 其他方式 ：
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通过村长发布在群里的小程序扫码进入，然后输入自己的身份证和名字，出现缴费金额，输入支付密码即可缴费成功。
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下载黔农云APP直接在APP中缴纳。
建议灵活就业人员选择适合自己的缴费方式，提前了解并确认当地的缴费政策和流程，以确保按时足额缴纳医疗保险费用。