合作医疗（新型农村合作医疗制度）不报销的费用主要包括以下几类：
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自行就医和自购药品 ：未在指定医院就医或未办理转诊单自行就医，以及自购药品的费用。
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非定点医院费用 ：在非区内定点医院（特殊病种门诊治疗费用除外）的门诊医疗费用，以及未按规定就医所产生的费用。
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部分门诊治疗费用 ：门诊治疗费、出诊费、住院费中的部分项目，如伙食费、陪客费、营养费、输血费（有家庭储血者除外，按有关规定报销）、冷暖气费、救护费、特别护理费等其他费用。
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违法性质的医疗费用 ：车祸、打架、自杀、酗酒、工伤事故和医疗事故的医疗费用，以及因这些行为导致的伤害所产生的医药费用。
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整形美容和康复性医疗费用 ：整容、假牙、假肢、脏器移植、点名手术费、会诊费等费用，以及康复性医疗（如气功、按摩、推拿、理疗、磁疗等）和各类陪客费、就诊交通费、出诊费、住院期间的其他杂费等费用。
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超过报销限额的费用 ：报销范围内，限额以外部分。
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非因疾病产生的费用 ：美容、镶牙、配镜、助听器、整容手术以及一些康复性的治疗手段（如在外针灸、按摩、推拿、理疗等）不能报销。
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非因自身原因产生的费用 ：非因自身原因造成的伤害，例如发生交通事故、发生工伤、第三人侵权等造成身体受伤害需要住院医治的，新农合不能报销这些费用。
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违法行为导致的费用 ：自残、自杀、服毒、打架斗殴、吸毒等违法行为导致自身受伤的，不予报销。
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其他特定费用 ：如专项救助资金的疾病费用、有第三方承担医疗责任的费用、超过封顶线的医疗费用、未按规定程序就医的费用等。
建议：
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在就医时，尽量选择指定医院，并办理转诊手续，以确保费用能够报销。
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尽量使用医保目录内的药物和治疗手段，避免使用自费药物和未纳入报销范围的医疗项目。
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对于重大疾病或手术，提前了解相关政策和报销流程，确保能够充分利用合作医疗的保障。