农村合作医疗断交通常会带来以下后果：
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医疗费用负担加重 ：一旦断交，农民将失去医保提供的基本保障，所有医疗费用都需要个人全额承担，尤其是对于重大疾病的治疗，费用可能极高，可能导致家庭经济崩溃。
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缺乏基本医疗保障 ：无法享受新农合提供的基本医疗保障服务，包括门诊报销、住院报销、大病保险等，可能导致因病致贫、因病返贫的风险增加。
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影响疾病的及时治疗 ：由于担心费用问题，可能会拖延或放弃必要的医疗检查和治疗，从而延误病情，影响治疗效果和康复机会。
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影响缴费年限 ：如果只是三个月内中断医保缴费，在继续缴费的时候还可以算连续参保时间；但如果断交一年，需要等待6个月以上才能继续享受保险待遇。
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影响大病门诊待遇 ：在治病中产生的基本医疗费用和地方补充医疗费用，断交后将无法报销。
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影响基本医保统筹基金支付额度 ：医保断交一个月，支付限额也会跟着降低。
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失去下一年度的医疗保险待遇 ：新农合保费一旦越过规定的缴纳时间，断缴后将无法补缴此年度的新农合医疗保险，也就无法享受下一年度的新型农村合作医疗保险带来的福利和医疗费用的报销。
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重新缴纳手续繁复 ：如果断交后需要重新缴纳医保，手续会比较繁复，不能在手机上直接缴费，需要拿上证件去重新办理。
农村合作医疗断交通常是弊大于利的，从长远健康保障和经济风险防范角度而言，建议在经济条件允许的情况下继续缴纳农村合作医疗。