农村合作医疗和城乡医疗保险的主要区别在于 参保对象、缴费方式和报销比例 ，具体如下：
- 参保对象 ：
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农村合作医疗 （新农合）：主要针对农村户口的居民，农民可以自愿参加，以家庭为单位整户参保。
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城乡医疗保险 ：包括城镇居民医疗保险和新农合，覆盖城镇户口的居民（包括未成年人和无工作的居民）和农村户口的居民。
- 缴费方式 ：
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农村合作医疗 ：由农民个人、集体和政府多方筹资，个人和政府共同承担缴费，实行多方筹资，以大病统筹为主。
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城乡医疗保险 ：
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城镇居民医疗保险 ：个人和政府共同承担，个人部分由个人缴纳，政府部分由财政补贴。
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新农合 ：也是由农民个人、集体和政府共同承担，个人和政府共同承担缴费。
- 报销比例 ：
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农村合作医疗 ：报销比例根据医院等级不同而有所变化，范围在10%-80%之间，主要集中在住院费用上，在乡镇医院的报销比例通常较高，但总体上报销比例和封顶金额比城镇医保低。
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城乡医疗保险 ：
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城镇居民医疗保险 ：报销比例通常为85%，覆盖门诊、住院以及指定药店购买药品的费用。
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新农合 ：报销比例在10%-80%之间，主要集中在住院费用上，在乡镇医院的报销比例通常较高，但在市级医院的报销比例比城镇医保低10%-20%，最高封顶也比城镇医保少。
- 管理部门 ：
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农村合作医疗 ：多数地方由卫生部门管理。
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城乡医疗保险 ：
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城镇居民医疗保险 ：主要由人力资源和社会保障部门（人社部门）管理。
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新农合 ：也是由卫生部门管理。
- 保障待遇侧重点 ：
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城镇居民医疗保险 ：主要保障住院和门诊大病，同时兼顾普通门诊，因此其住院及门诊大病待遇通常高于新农合。
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新农合 ：门诊待遇水平总体要高于城镇医保，特别是在乡镇医院，其报销比例较高，有助于农民在当地获得及时有效的医疗服务。
综上所述，农村合作医疗和城乡医疗保险在参保对象、缴费方式、报销比例、管理部门和保障待遇侧重点等方面存在明显差异。建议根据个人户口性质和具体情况选择合适的医疗保险制度。