医保卡和合作医疗卡的区别主要体现在以下几个方面：
- 覆盖人群不同 ：
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医保卡 ：主要针对城镇户口的居民以及企业职工（分为居民医保和职工医保两种）。
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合作医疗卡 （新农合）：主要针对农村户口的人群。
- 管理体系不同 ：
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医保卡 ：属于社保系统管理，由人社部门负责。
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合作医疗卡 ：由卫生部门管理。
- 筹资水平与报销比例不同 ：
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医保卡 ：筹资水平较高，报销比例也相对较高，且设有个人账户，个人可以支配部分资金。
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合作医疗卡 ：筹资水平较低，报销比例相对较低，且没有个人账户，所有报销由医疗机构直接与医保部门结算。
- 缴费方式不同 ：
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医保卡 ：由职工和用人单位共同承担费用，且费用通常较高。
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合作医疗卡 ：由农民个人、集体和政府三方共同筹资，农民自愿参加，费用较低。
- 使用范围与功能不同 ：
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医保卡 ：只能用于医疗保障范畴，具有局限性，但在特定区域内可以使用，且安全等级较低。
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社会保障卡 （社保卡）：应用领域广泛，可用于人力资源和社会保障等，具有全国统一标准，全国通用，安全等级较高，并且还具备其他社保业务办理功能。
医保卡和合作医疗卡在覆盖人群、管理体系、筹资水平、报销比例、缴费方式以及使用范围等方面均有明显的区别。建议根据个人户口性质和实际需求选择合适的医疗保障方式。