新农合二次报销主要针对一些重大疾病，以下是一些常见的病种：
儿童疾病
儿童白血病：包括急性淋巴细胞白血病和急性早幼粒细胞白血病等类型，需要进行化疗、造血干细胞移植等治疗，费用高昂。
儿童先天性心脏病：如房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭等，需要进行手术治疗，二次报销可以减轻家庭负担。
恶性肿瘤
肺癌：发病率和死亡率较高的恶性肿瘤之一，治疗方式包括手术、放疗、化疗、靶向治疗等，费用较高。
食道癌：常见消化道肿瘤，治疗需要手术、放疗、化疗等综合治疗手段，二次报销有助于缓解患者经济压力。
胃癌：也是常见的消化道肿瘤，治疗费用较高，二次报销可以为患者提供一定的经济支持。
结肠癌：需要进行手术切除、化疗、放疗等治疗，二次报销可以减轻患者的部分医疗费用负担。
乳腺癌：女性常见的恶性肿瘤之一，治疗方式包括手术、放疗、化疗、内分泌治疗等，费用较高。
宫颈癌：女性生殖系统常见的恶性肿瘤，治疗需要手术、放疗、化疗等综合治疗手段，二次报销可以为患者提供帮助。
其他疾病
终末期肾病：如慢性肾功能衰竭等，需要进行透析或肾移植治疗，费用长期且高昂。
重度精神疾病：如精神分裂症、双相情感障碍等，需要长期药物治疗和心理治疗，费用较高。
耐药肺结核：治疗周期长，需要使用特殊药物，费用较高。
艾滋病：需要长期抗病毒治疗，费用较高，二次报销可以为患者提供一定的经济支持。
血友病：需要长期使用凝血因子进行治疗，费用较高，二次报销可以减轻患者家庭的经济负担。
以上病种在不同地区可能会有所差异，具体的二次报销病种和政策需要咨询当地的医保部门或参考当地的新农合政策文件。