合作医疗的报销比例并不是一样的，具体如下：
不同医疗机构级别报销比例不同
基层医疗机构 ：如村卫生室、乡镇卫生院，报销比例相对较高。例如 2025 年新农合在一级医疗机构住院报销比例可达 90% ，普通门诊报销比例稳定在 50% 左右，部分地区达到 60% 。
高级别医疗机构 ：如三级医院，报销比例相对较低。2025 年新农合在三级医疗机构住院报销比例为 60% ，普通门诊报销比例在 20% 左右 。
不同地区报销比例存在差异
门诊报销 ：部分地区一级定点医疗机构（含村卫生室）发生的新规范围内门诊医疗费用按 80% 比例报销，而其他地区可能为 60% 或 70% 。
住院报销 ：如长沙的三级医院住院报销比例为 65%，南昌的三级医院住院报销比例为 60%，杭州的三级医疗机构住院报销比例为 70% 。
不同情况报销比例有所区别
大病保险报销 ：对于符合新农合大病保险范围的疾病，报销比例通常在 65%-70% 之间 。
特殊人群 ：部分地区对 60 岁以上低保老人等特殊人群有优惠政策，如免费参保、缴费减免等，还可能提高其大病报销比例和门诊报销比例 。
跨市报销比例不同
不同地区的合作医疗跨市报销比例也存在一定的差异，如北京市的合作医疗跨市报销比例为 80%，上海市为 70%，广州市为 75%，深圳市为 70%，杭州市为 60% 。