合作医疗不能报销的原因可能有以下几种情况：

医保目录限制

• 药品目录：如果使用的药品不在医保药品目录内，如一些进口药、高价药、保健品等，合作医疗是不予报销的。

• 诊疗项目目录：像美容、整形、减肥、非功能性整容、矫形手术等非基本医疗需求的诊疗项目，以及一些预防保健性诊疗项目，如各种疫苗、预防接种等，都不在报销范围内。

• 医疗服务设施目录：超出医保医疗服务设施目录范围的费用，如特需病房、进口医疗器械等高端医疗服务设施的费用，也不能报销。

报销范围限制

• 起付线和封顶线：各地医保都有起付线和封顶线的规定。起付线以下的医疗费用需要个人承担，例如在一些地区，一级医院的起付线可能是400元，未达到起付线的费用不予报销；超过封顶线的部分，医保也不再报销。

• 非住院治疗：合作医疗主要保障住院治疗和大病风险，对于一些门诊费用，如果没有达到规定的报销标准或不属于报销范围，也可能无法报销。

特殊情况

• 工伤事故：如果在工作中发生事故，被认定为工伤的，应由工伤保险承担，合作医疗不再重复报销。

• 第三方责任：由第三方原因导致的医疗费用，如交通事故、打架斗殴等，应由相关责任人承担，医保不报。如果不能明确第三方身份或第三方逃逸，医保基金可先做报销处理，再追责。

• 公共卫生服务：由政府组织实施的公共卫生服务项目，如传染病防治、健康教育等，其费用由公共卫生服务经费承担，不纳入医保报销范围。

参保人自身问题

• 未按时缴费：如果参保人未按时缴纳合作医疗费用，可能导致参保状态异常，无法享受报销待遇。

• 参保状态异常：如参保信息错误、参保关系中断等，都可能导致无法报销。

就医和报销流程问题

• 未按规定就医：如果未在定点医疗机构就医，或者未办理转诊手续在异地就医，可能会影响报销比例或导致无法报销。

• 报销材料不齐全：在申请报销时，如果提供的材料不齐全或不符合要求，如缺少病历、发票、诊断证明等，可能导致报销延误或无法通过审核。

• 报销时间逾期：不同地区对报销时间有不同的规定，一般要求在一定时间内完成报销申请，逾期可能无法报销。