合作医疗超过三个月是否可以报销，需要根据具体情况来判断，以下是相关政策的详细解读：

未在集中参保期参保或未连续参保的情况

根据国家医疗保障局发布的《关于健全基本医疗保险参保长效机制的指导意见》，自2025年起，除新生儿、医疗救助对象、当年退出现役的军人等特殊群体外，对未在居民医保集中参保期参保或未连续参保的人员，设置参保后固定等待期3个月。这意味着如果超过三个月才参保，从参保之日起，需要等待3个月的固定等待期后才能享受医保报销待遇。例如，2025年3月缴费，因在2月28日延长缴费期结束之后缴费，就会有3个月的固定等待期，在此期间内发生的医疗费用无法享受医保报销政策。

连续断缴的情况

对于连续断缴的人员，除了3个月的固定等待期外，每多断保1年，还会增加1个月的变动等待期。例如，如果连续断缴4年及以上，修复以后的变动等待期不少于3个月，加上原有3个月的固定等待期，则仍需至少等待6个月。等待期内发生的医疗费用，医保统筹基金不予支付。

特殊情况

部分地区对于一些特殊情况有特殊规定。例如，兰州市规定职工医保中断缴费不超过三个月的，可按规定进行补缴，补缴期间发生的医疗费用可按规定报销。但这种情况并不适用于所有地区和所有情况，具体还需咨询当地的医保部门。

综上所述，合作医疗超过三个月是否可以报销，取决于是否在集中参保期内参保、是否连续参保以及断缴的时间等因素。为了确保能够及时享受医疗保障，建议按时完成缴费操作，并注意保险的具体生效日期和报销政策。