农村合作医疗跨市住院报销比例因地区和医院等级不同而有所差异，以下是部分地区的报销比例情况：

福州市

• 一级医院：报销比例比本地上升10%。

• 二级医院：报销比例比本地上升30%。

• 三级医院：报销比例比本地上升5%。

广州市

• 一级医院：报销比例为90%。

• 二级医院：报销比例为85%。

• 三级医院：报销比例为65%。

南京市

• 完成备案后，异地的报销比例和本地就医报销比例相同。

• 一级医疗机构：80岁以上报销95%，其他居民报销90%。

• 二级医疗机构：80岁以上报销90%，其他居民报销85%。

• 三级医院：80岁以上报销70%，其他居民报销65%。

• 未完成备案：在各医疗机构的报销比例会下降20%。

湖南省

• 市级定点医院：起付线为500元，报销比例为65%。

• 省级定点医院：起付线为700元，报销比例为55%。

• 省外非定点医院：起付线为1000元，报销比例为45%。

江西省

• 市级定点医院：起付线为500元，报销比例为65%。

• 省级定点医院：起付线为700元，报销比例为55%。

• 省外非定点医院：起付线为1000元，报销比例为45%。

不同地区的农村合作医疗跨市住院报销政策存在差异，具体的报销比例和起付线需要根据当地的规定来确定。建议在就医前向当地的医保部门或参合地经办机构咨询，了解详细的报销政策和流程。