合作医疗跨市就医在一定条件下是可以报销的。根据广东省医疗保障局2025年1月1日实施的《广东省基本医疗保障省内跨市就医医疗费用直接结算经办规程》，广东省内跨市就医的报销政策如下：
备案要求
异地长期居住人员：包括异地安置退休人员、异地长期居住人员、常驻异地工作人员等，备案长期有效。
临时外出就医人员：包括异地转诊人员、因工作或旅游等原因异地急诊抢救人员以及其他临时外出就医人员，备案有效期原则上不少于6个月。
就医管理与服务
直接结算服务：定点医药机构应当为参保人员提供省内跨市就医直接结算服务，各市应互认异地联网定点医药机构。
门诊特定病种待遇认定信息全省互认：参保人员在符合资质的就医市定点医疗机构办理全省统一的门诊特定病种待遇认定，全省规定范围内的门诊特定病种待遇认定信息全省互认。
费用结算
直接结算：参保人员在备案有效期内，可在就医地定点医疗机构直接结算医疗费用，无需先垫付后报销。
补记账：参保人员出院结算前补办跨市就医备案的，医疗机构应当支持办理当次费用直接结算；出院自费结算后补办备案的，按参保市规定返回就诊机构办理补记账，未能办理补记账的可申请零星报销。
注意事项
急诊抢救就医：未办理异地就医备案的参保人员，由定点医疗机构选择相应系统接口办理直接结算，无需垫付费用返回参保地零星报销。
医保报销待遇：医疗保险的起付标准、支付比例和最高支付限额以及生育保险待遇等执行参保市政策。
合作医疗跨市就医在广东省内是可以报销的，但需要满足一定的备案条件和就医管理要求。具体的报销政策可能会因地区而异，建议在就医前咨询当地的医保部门或医疗机构，了解详细的报销流程和要求。