农村合作医疗怀孕住院是可以报销的。根据相关政策规定，农村合作医疗可以报销符合规定的孕妇产前、产后及新生儿的医疗费用。具体报销范围和比例可能因地区而异，但一般包括产前检查费、接生费、手术费、住院费、医药费等。
报销范围
产前检查费用：部分地区可以报销孕妇的产前检查费用，但报销比例和限额可能有限。
孕期住院费用：如果孕妇在孕期因病需要住院治疗，相关费用可以报销。
分娩费用：包括顺产和剖宫产的费用，通常实行定额补助。
报销比例
顺产：在乡镇级定点医院就医，一般可以定额补助300元；在县级及以上定点医院就医时，一般定额补助450元。
剖宫产：报销起付线为2000元，费用在2000元到7000元的部分按照45%的比例报销；费用超过7000元的部分按照65%的比例报销。
报销流程
备案：孕妇在怀孕前参加了农村医疗保险，才能享受报销的权益。在住院前或住院后3日内须办异地住院转诊手续。
提交材料：出院后，需提供住院收费票据、出院证、准生证明、社保卡、母亲的身份证等材料。
审核报销：将材料提交到新农合窗口进行审核，审核通过后即可获得报销。
建议您在怀孕期间及时了解当地的政策规定，以便合理利用医疗保险的报销权益。