合作医疗在市医院住院报销流程通常如下：

住院前

准备好相关材料，包括合作医疗证或社会医疗保险证、身份证或户口簿原件及复印件、住院医疗费用预结算单等。

住院期间

• 办理住院手续：到市医院办理住院手续时，需提供合作医疗证或社会医疗保险证、身份证或户口簿原件及复印件等材料。

• 妥善保管费用清单：住院期间，医院会将医疗费用进行结算，并开具住院医疗费用明细清单，患者需妥善保管好。

出院后

• 提交报销申请：将住院医疗费用明细清单、合作医疗证或社会医疗保险证、身份证或户口簿原件及复印件等材料一并提交到当地的农村合作医疗管理机构进行报销。

• 等待审核与核算：窗口工作人员会对提交的材料进行审核，确保材料真实有效。审核通过后，工作人员会核算补偿范围内的医药费用和补偿金额。

• 费用兑付：核算完成后，费用将直接打到患者指定的银行账户中，或由窗口工作人员直接支付给患者。

注意事项

• 起付标准：不同地区和医院等级的起付标准可能不同。例如，铜川市人民医院的起付标准为1500元，儿科患者（14周岁以下）、五官科（含口腔）患者起付标准为1050元。

• 报销比例：一般三级医疗机构（通常包括市医院）的报销比例在60%左右，但具体比例以当地政策为准。

• 特殊情况：如恶性肿瘤、白血病放化疗及尿毒症肾透析等费用，年度疗程内只减一次住院起付线进行补偿。

不同地区的具体政策和流程可能会有所差异，建议在住院前咨询当地的农村合作医疗管理机构或医院的医保科，以获取最准确的信息。