全国十大质子重离子科医院排行榜如下：

1. 上海交通大学医学院附属瑞金医院 ：综合实力位于国内前列，擅长多种恶性肿瘤的诊治，在肺癌、肝癌等领域具有较高的学术影响力。

2. 复旦大学附属肿瘤医院 ：三级甲等专科医院，擅长头颈部肿瘤的治疗，提供全方位的诊疗服务。

3. 中国医学科学院肿瘤医院 ：中国领先的癌症防治中心，积累了丰富的质子重离子放射治疗经验，能够有效治疗多种类型的实体瘤。

4. 浙江省肿瘤医院 ：三级甲等肿瘤专科医院，配备华东地区首台国产重离子医疗装置，专注于肿瘤的早期筛查、精准诊治和康复管理。

5. 江苏省肿瘤医院 ：三级甲等肿瘤专科医院，拥有一支经验丰富的质子重离子放射治疗团队，广泛应用于乳腺癌、前列腺癌等疾病的治疗中。

建议：

• 上海交通大学医学院附属瑞金医院 和 复旦大学附属肿瘤医院 在质子重离子治疗领域具有较高的学术影响力，适合需要高质量医疗服务的患者。

• 中国医学科学院肿瘤医院 作为癌症防治中心，拥有丰富的治疗经验，适合各种实体瘤患者。

• 浙江省肿瘤医院 的重离子医学中心是全国唯一一家建设在医院主院区内的重离子医学中心，增加了患者就医的便利性。

• 江苏省肿瘤医院 的质子重离子放射治疗团队经验丰富，适合乳腺癌、前列腺癌等疾病的患者。