合作医疗的报销流程如下：
- 本地医疗报销 ：
-
参保患者在就医时，需携带本人医疗卡和有效身份证进行身份验证。
-
在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构，参保患者可以直接刷卡进行费用报销。
-
在区内及区外市内定点医疗机构住院，患者在出院结账时也可以直接刷卡报销。
- 异地医疗报销 ：
-
对于在市外二级及以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，携带医药费用原始发票、住院医药费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿及经办人身份证，到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。
-
在异地就医时，患者需要先垫付医疗费用，然后在出院时直接报销。报销原则是多退少补。
- 特殊病种门诊报销 ：
- 参保患者若需特殊病种门诊报销，可持二级及以上定点医疗机构出具的病例及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料，以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请。经审核批准后，其门诊医药费用可列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位进行报销。
- 意外伤害住院报销 ：
- 因意外伤害的住院患者，出院后需提交由户口所在村（居）签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明及医院的病案记录。若无法提供有效证明及记录，则不予受理。经新农合调查、审核后，若属实则予以报销。若责任由第三方负责，则不予报销。
- 窗口报销 ：
- 参保患者凭有效证件、医疗卡，在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销。在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结账时也可直接刷卡报销。
建议在报销前咨询当地社保工作人员，了解具体的报销政策和流程，以确保顺利报销。