合作医疗（新型农村合作医疗制度）在某些特定情况下不能报销。以下是一些主要情况：
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自购药品 ：患者自行购买的药品费用不在报销范围内。
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非指定医院就医 ：未在指定医院就医或未办理转诊单自行就医的费用不予报销。
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工伤和职业病 ：工伤和职业病的医疗费用应由工伤保险基金支付，不属于合作医疗的报销范围。
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计划生育相关费用 ：违反计划生育政策的医疗费用以及计划生育措施所需的费用不予报销。
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第三方责任 ：存在第三方责任的情况下，如交通事故、医疗事故、工伤等，医疗费用应由第三责任方承担。
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境外就医 ：在境外发生的医疗费用不在报销范围内。
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美容和整容 ：美容、整容、镶牙、假肢、脏器移植、点名手术费、会诊费等费用不予报销。
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慢性病相关费用 ：慢性病治疗费用通常不在合作医疗的报销范围内。
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其他特定费用 ：包括矫形、整容、镶牙、假肢、脏器移植、点名手术费、会诊费等。
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非疾病产生的费用 ：如美容、镶牙、配镜、助听器、整容手术以及一些康复性的治疗手段（如针灸、按摩、推拿、理疗等）不能报销。
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非因自身原因产生的伤害 ：如发生交通事故、工伤、第三人侵权等造成身体受伤害需要住院医治的费用，新农合不能报销。
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其他法律法规规定的基金不予报销的情形 ：如应当由公共卫生负担的费用等。
建议：
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在就医前，最好先了解当地的合作医疗政策和报销范围，以确保费用能够得到报销。
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尽量选择定点医院就医，并按照规定的程序办理转诊手续。
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对于慢性病和长期治疗的费用，可以咨询当地医保部门是否有其他的报销政策或救助措施。