山东德州治疗巨乳头性结膜炎比较好的医院有：
山东大学齐鲁医院德州医院：作为德州市唯一的集医疗、教学、科研、预防、保健、急救、康复为一体的三级甲等综合医院，其眼科实力较强，能够提供专业的治疗。
德州市第二人民医院：作为全市唯一一所肿瘤、精神卫生、呼吸疾病防治诊疗基地，其耳鼻喉科和眼科也具备一定的实力，能够提供相应的治疗。
德州市立医院：作为德城区唯一一所二级甲等综合性医院，其眼科疾病医疗设施齐全，在眼科疾病治疗方面有着丰富的经验。
这些医院在治疗巨乳头性结膜炎方面都有一定的经验和实力，患者可以根据自己的实际情况选择合适的医院进行治疗。
治疗巨乳头性结膜炎的一般方法
停用角膜接触镜或义眼：这是治疗巨乳头性结膜炎的首要措施，因为该病主要是由于长期配戴角膜接触镜或义眼而引起的。
局部应用药物：包括皮质类固醇滴眼液、色甘酸钠滴眼液、抗生素滴眼液、抗生素眼膏等，这些药物可以减轻炎症反应，缓解症状。
避免使用材质低劣的接触镜：尽量使用高透气性的接触镜或者小直径的硬性接触镜，加强接触镜的护理，避免使用含有防腐剂及汞等具有潜在抗原活性的护理液。
对于佩戴义眼的患者：建议每日用肥皂清洗，在清水中浸泡，干燥后佩戴。对于有缝线或者硅胶摩擦者，情况许可的话可以加以拆除。
根据患者的病情：可以使用肥大细胞稳定剂如色甘酸钠滴眼液，还可以使用糖皮质激素滴眼液如氟米龙滴眼液，妥布霉素地塞米松滴眼液，非甾体药物抗炎药滴眼液如普拉洛芬滴眼液，双氯芬酸钠滴眼液等。
通过以上治疗方法，可以有效缓解巨乳头性结膜炎的症状，并预防疾病的复发。如果您有相关症状，建议及时到正规医院眼科就诊，以便得到及时有效的治疗。