如果是单纯性肾囊肿，发生的原因目前并不是非常清楚，但是大多数的研究，考虑是与肾小管憩室增加有关系，通常与年龄有一定关系，年龄越大，肾囊肿发生的几率会越高。
如果是多囊肾引起的肾囊肿，发病的原因是与遗传因素有关系，是由于基因突变引起肾脏出现多发囊肿。
一般单纯性肾囊肿预后比较好，很少会引起尿路感染、血压升高，也很少导致尿毒症的发生。如果是多囊肾，通常预后欠佳，在发病的过程中容易出现尿蛋白增多，也会出现血压升高，多囊肾是导致尿毒症的原因之一。
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