真菌性角膜炎的治疗分两大方面：
第一，药物治疗。目前临床上主要用抗真菌治疗，有纳他霉素、咪唑类的或者是嘧啶类的抗真菌药，以局部的滴抗真菌的滴眼液为主。对于特别严重的患者，可以给全身静脉滴注抗真菌药物，一定要注意肝肾功能的损害的副作用。其他的药物是免疫抑制剂或者是非甾体的抗炎药，都可以帮助减轻局部的炎症。还要辅以人工泪液或者促进角膜修复的药物，但早期还是以抗真菌治疗为主。
第二，对于严重的患者需要手术治疗。手术治疗是根据病灶的深浅、范围来决定术式。对于比较表浅的，只需要做病灶清除。对于比较深的溃疡、接近穿孔的，可以做结膜瓣遮盖、板层角膜移植或者穿透角膜移植手术。
