深圳做肠胃镜效果较好的医院中，​​深圳市人民医院、北京大学深圳医院、深圳市第二人民医院的综合实力突出，均拥有先进设备及专业团队​​，并具备丰富临床经验。

深圳市人民医院的消化内科是全市胃肠科的标杆之一，其胃肠疾病医疗储备人员充足，开展包括胃镜与肠镜在内的多项诊疗项目。科室由多位资深专家坐诊，如擅长内镜微创治疗的李银鹏、消化疑难病诊治的熊东亮等，技术全面且经验丰富，设备先进。北京大学深圳医院在胃肠功能紊乱与慢性胃肠疾病领域表现卓越，其胃肠科依托医院多学科协作优势，结合胃肠镜检查提供个性化诊疗，医护团队专业水平获广泛认可。深圳市第二人民医院胃肠外科以手术技术精细闻名，其胃肠镜检查配合复杂疾病（如胃肠肿瘤）治疗需求，服务细致周全。

若需兼顾中医调理，深圳市中医院运用传统中医疗法辅助诊疗，如中药与针灸结合治疗功能性胃肠病，但更适合作为辅助手段；深圳市第六人民医院在疼痛管理等方面有特色，但胃肠专业影响力相对稍弱。建议患者根据自身病种选择——普通胃炎、溃疡优先考虑市人医内镜技术，复杂胃肠病或需多学科管理可选北大深圳医院，手术需求明确可预约二院胃肠外科。

肠镜检查前务必空腹6小时并提前清理肠道，部分检查需停用活血药物，妊娠或心肺疾病患者需提前告知医生调整方案。深圳多家医院（如深圳市第三人民医院、香港大学深圳医院）的设备与水平同样值得信赖，但需根据预约难度与交通便利性综合评估。