西藏那曲社保缴费基数12500元和5000元的主要区别体现在缴费金额、社保待遇和适用人群三个方面。高基数（12500元）需缴纳更多费用但享受更高养老/医疗待遇，适合收入较高群体；低基数（5000元）缴费压力小但待遇较低，通常为灵活就业或低收入者选择。具体差异如下：
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缴费金额差异
- 按12500元基数计算：每月养老保险个人缴纳8%（1000元），单位缴纳16%（2000元）；医疗保险个人缴纳2%（250元），单位缴纳8.5%（1062.5元）。
- 按5000元基数计算：养老保险个人缴纳400元，单位缴纳800元；医疗保险个人缴纳100元，单位缴纳425元。
- 高低基数月缴费总额相差约2512.5元，直接影响每月到手工资和企业用工成本。
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社保待遇区别
- 养老金：12500元基数退休后领取的养老金显著高于5000元基数（基础养老金与个人账户金额均翻倍）。
- 医保报销：高基数参保人医保个人账户每月多划入150元，且部分城市大病保险报销比例与基数挂钩。
- 失业/工伤待遇：失业金按缴费基数核定，高基数者可领取更高标准；工伤一次性补助金计算也以基数为依据。
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适用人群建议
- 12500元基数：适合国企职工、公务员等稳定高收入群体，或希望未来获得优质社保待遇的参保者。
- 5000元基数：常见于私营企业按最低标准缴纳的情况，或灵活就业人员为减轻缴费压力自主选择低档。
需注意：西藏那曲社保基数每年调整，参保人需根据收入变化及时申报变更。长期选择高基数虽增加短期支出，但能显著提升未来的社会保障水平，建议经济条件允许者优先考虑。