特殊病种农保（新型农村合作医疗）与医保（城镇职工/居民医保）的核心区别在于参保对象、保障范围、报销比例及政策管理。农保主要面向农村居民，缴费低但报销比例和病种覆盖有限；医保覆盖城镇职工及居民，缴费较高但报销比例更高且特殊病种保障更全面。关键差异包括：农保按年缴费且需终身缴纳，医保可累计缴费年限；农保特殊病种以地方政策为主，医保则纳入全国统一病种管理。
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参保对象与缴费方式
农保针对农村户籍居民，以家庭为单位自愿参保，个人年缴费约400元（2025年标准），政府补贴为辅；医保分为职工医保（单位与个人按月缴纳）和居民医保（个人缴费+政府补贴），缴费标准显著高于农保。 -
特殊病种覆盖范围
农保特殊病种由地方划定（如I类尿毒症、恶性肿瘤等），病种数量少且报销限额低（如年封顶4万元）；医保则纳入全国统一病种（如恶性肿瘤、器官移植等16类），部分病种终身有效且报销额度与住院合并计算（职工医保最高26.22万元）。 -
报销比例与起付线
农保特殊病种报销比例普遍为50%-70%，起付线200-500元；医保报销比例达70%-90%（职工退休人员更高），起付线1000元（居民医保1200元），慢性肾衰等重症病种起付线为0。 -
政策灵活性与转移接续
农保地方差异大且无法跨地区转移；医保实行省级统筹，异地就医逐步实现直接结算，特殊病种备案后可在定点机构直接享受待遇。
提示： 农村居民若已参加职工医保，无需重复参保农保；特殊病种患者应优先关注医保政策动态，及时办理备案以最大化报销权益。