江苏南通社保基数为6900元时，个人所得税的扣税情况如下：
- 1.社保缴费计算：养老保险：个人缴费比例为8%，即6900元×8%=552元。医疗保险：个人缴费比例为2%，即6900元×2%=138元。失业保险：个人缴费比例为0.5%，即6900元×0.5%=34.5元。住房公积金：假设缴费比例为12%，即6900元×12%=828元。总计社保缴费：552元+138元+34.5元+828元=1552.5元。
- 2.应纳税所得额计算：起征点：5000元。应纳税所得额：6900元（社保基数）-1552.5元（社保缴费）-5000元（起征点）=347.5元。由于应纳税所得额为347.5元，低于3000元的税率档次（3%），因此适用3%的税率。
- 3.个人所得税计算：个人所得税：347.5元×3%=10.425元。个人所得税扣税金额为10.425元。
- 4.实际到手工资：实际到手工资：6900元-1552.5元（社保缴费）-10.425元（个人所得税）=5337.075元。
江苏南通社保基数为6900元时，个人需要缴纳的社保费用为1552.5元，个人所得税为10.425元，最终实际到手的工资为5337.075元。需要注意的是，住房公积金部分虽然从工资中扣除，但仍然属于个人财产，只是存储在个人住房公积金账户中。社保基数和税率可能会根据政策调整，建议定期关注相关政策变化。