肛瘘最常被误诊为痔疮、肛周脓肿或肛裂，但实际需鉴别的疾病还包括化脓性汗腺炎、直肠肿瘤、克罗恩病等。这类误诊多因症状重叠（如肛门肿痛、分泌物）或患者自行判断导致，延误治疗可能引发感染扩散、肛门失禁等严重后果。
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痔疮：60%以上肛瘘患者初期被误判为痔疮，两者均可能出现肛门肿物和出血，但肛瘘的特征是持续性脓液分泌和皮下条索状硬结，而痔疮出血多为无痛性鲜红色且无瘘管结构。
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肛周脓肿：急性脓肿破溃后易形成肛瘘，但初期可能被当作单纯感染处理。关键区别在于脓肿表现为突发红肿热痛，而肛瘘为慢性反复流脓，且脓肿未彻底治疗会直接进展为肛瘘。
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肛裂：与肛瘘共有的肛门疼痛症状易混淆，但肛裂通常伴排便时刀割样痛+便后滴血，且无瘘管或脓性分泌物。
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化脓性汗腺炎：好发于肛周大汗腺区域，形成多发性窦道和色素沉着，与直肠不相通是鉴别核心。而肛瘘必然连通肛管或直肠。
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直肠肿瘤：晚期直肠癌溃破可能模拟肛瘘症状，但会伴随体重下降、排便习惯改变等全身表现，直肠指检可触及质硬肿块。
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克罗恩病：30%克罗恩病患者合并肛瘘，需通过肠镜鉴别。若存在腹痛、腹泻、肠外病变（如关节炎），提示为克罗恩病继发肛瘘。
：肛门症状持续1个月以上或反复发作时，务必进行专科检查（如肛门指检、MRI）。自行用药可能掩盖病情，早期手术是根治肛瘘的关键。