医保一年账户余额只有1000元，主要与参保类型（居民医保无个人账户）、缴费基数低或地区政策差异有关。以下是具体原因分析：

1. 参保类型差异
   职工医保通常有个人账户，每月按缴费基数比例划入（如个人缴纳2%+单位部分），若基数低则余额较少；而居民医保缴费全部进入统筹账户，无个人余额，仅用于住院报销。

2. 缴费基数与比例影响
   职工医保余额与工资基数挂钩。例如月薪3000元，按2%计算每月仅60元入账，加上单位划拨部分，年累计可能不足1000元。部分地区单位缴费划入比例较低，也会减少余额积累。

3. 门诊报销额度限制
   部分地区的职工医保会预存年度门诊报销额度（如1000元），但仅限当年就医使用，超起付线后才能抵扣，且未用完部分自动清零，可能被误认为“余额”。

4. 居民医保的特殊性
   居民医保年缴费约1000元，但资金全部进入统筹池，不设个人账户。其报销规则需先自付满1000元后，才能享受后续按比例减免，导致直观上“余额”缺失。

医保余额少需结合参保类型、地区政策综合判断。职工医保可通过提高缴费基数增加账户积累，居民医保则需关注统筹报销规则，合理规划医疗支出。