医保局给药店结算的回款是否含税，需根据具体业务类型和政策规定判断，主要分为以下情况：
一、医保支付性质与发票类型
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医保支付本质为政府补贴
医保局与药店签订的协议属于政府购买服务协议，医保支付金额本质上是财政补贴，不属于药品或服务的销售收入。
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发票类型与金额表现
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若医保局直接结算，通常以 不含税金额 进行结算，药店无需开具增值税发票。
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若通过银行账户结算，结算金额可能为 含税金额 ，但药店无需向医保局开具发票。
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二、免税政策适用范围
根据《增值税暂行条例》第十五条，医保支付中涉及药品和用具的销售额属于 免税项目 ，但需符合以下条件：
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仅限避孕药品和用具；
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需通过税务部门指定的机构进行结算。
若药店提供的服务或药品不属于免税范围，则需正常缴纳增值税。
三、注意事项
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备案要求
免税收入需在税务局进行 备案登记 ，但医保支付本身属于法定免税项目，一般无需额外备案。
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常见误区
- 部分人误以为医保支付金额含税，实为对政策理解偏差。医保支付金额通常以不含税形式结算，专用发票上不会体现税额。
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违规风险
若药店违规开具含税发票或未依法纳税，可能面临税务处罚。
四、建议
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核对结算明细 ：定期与医保局核对结算金额及发票类型，确保合规性；
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咨询税务机关 ：对政策有疑问时，应及时咨询当地税务局，避免因政策调整影响结算。
医保局给药店结算的回款是否含税，需结合结算方式、服务性质及政策规定综合判断，确保符合免税条件并依法纳税。