社会医疗保险和农村合作医疗（新农合）在多个方面存在显著差异，具体区别如下：
一、参保对象与覆盖范围
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参保对象
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社会医疗保险：覆盖城镇职工及非农业户籍居民（如灵活就业人员、大学生等）。
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农村合作医疗：仅限农村户籍人口参加，且通常以家庭为单位整户参保。
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覆盖范围
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社会医疗保险：包含养老、医疗、失业、工伤、生育五险，医疗保障范围更广。
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农村合作医疗：仅限医疗费用报销，不涵盖其他社保项目。
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二、缴费标准与待遇
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缴费标准
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社会医疗保险：由单位和个人共同缴纳，职工缴费率通常为工资的2%-6%，单位缴费率控制在6%左右。
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农村合作医疗：缴费标准较低（每年约100-500元），且存在地区差异，农民可自愿选择缴费档次。
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报销比例与待遇
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社会医疗保险：住院报销比例较高（城镇职工70%-80%），门诊、生育等也有相应保障。
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农村合作医疗：报销比例较低（政策范围内住院约70%-75%），且存在地区差异，门诊报销有限。
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三、保障期限与资金来源
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保障期限
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社会医疗保险：缴费年限满15年后，退休后可终身享受待遇。
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农村合作医疗：通常为1年有效期，需每年续保。
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资金来源
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社会医疗保险：由单位和个人按比例缴费，财政补贴占一定比例。
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农村合作医疗：主要依赖政府补贴和集体扶持，个人缴费较少。
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四、其他核心差异
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系统管理
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社会医疗保险：纳入全国统一的社会保险体系，由社保部门管理。
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农村合作医疗：由卫生局或乡镇卫生院管理。
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账户机制
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社会医疗保险：设有统筹账户和个人账户，个人账户资金可自主使用。
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农村合作医疗：无个人账户，全部为统筹资金，门诊需自费。
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总结
社会医疗保险与农村合作医疗在参保对象、保障范围、缴费标准等方面存在根本差异。若已参加其中一种，需根据自身情况选择是否参加另一种。当前我国已实现城乡居民医疗保险（原新农合）与城镇居民医疗保险的合并，统称城乡居民医疗保险，但两者在制度设计上仍存在明显区别。