不合规
关于报销超过三个月不批准的问题，需结合企业内部规定和法律法规综合判断：
一、企业内部规定方面
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制度合理性审查
若企业内部明确规定“费用发生后超过三个月不予报销”，需评估该规定是否合理。部分企业为规范管理设定了此类条款，但法律上并未强制要求。若规定过于严苛，可能被认定为不合理。
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罚款机制的合法性
若规定“超过3个月罚款100元/月”，可能涉及“罚款”性质，需注意罚款的设定是否合法。根据劳动法相关规定，罚款通常需以赔偿损失为前提，且金额应与违法行为相当。
二、法律法规层面
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医保报销时效
医疗费用报销通常有明确时效，一般为诊疗后6个月内完成报销，跨年住院需结算当年费用。若涉及其他类型费用，法律未统一规定3个月时效，但企业可自主设定合理期限。
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发票有效期的影响
发票开具日期超过3个月可能影响报销，但并非绝对禁止报销。部分企业要求发票与报销年度一致，超期需附领导审签等补充材料。
三、处理建议
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核对政策条款
首先确认企业内部报销制度的具体条款，了解不批准报销的具体情形及法律依据。
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沟通协商
若认为规定不合理，可与财务部门或领导沟通，提供合理解释或补充材料（如紧急情况说明、政策依据等）。
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法律途径
若沟通无果，可依据《劳动合同法》或《社会保险法》等法律法规，通过劳动仲裁或诉讼维护权益。
四、注意事项
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保存证据 ：保留所有与报销相关的证据材料（如发票、沟通记录、政策文件等），便于后续维权。
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政策咨询 ：不同地区或行业可能存在特殊规定，建议咨询当地劳动部门或行业协会。
报销超过三个月是否批准需结合企业规定和实际情况判断，建议通过合法途径解决争议。