根据相关税法规定，员工体检费的进项税额 不能抵扣 ，具体原因如下：
一、增值税抵扣的基本原则
增值税进项税额抵扣需符合以下条件：
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用于应税项目；
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属于生产经营必需；
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取得合法有效的增值税专用发票。
二、员工体检费不满足抵扣条件
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属于集体福利范畴
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1第二十七条规定，用于集体福利的购进货物、服务、无形资产和不动产的进项税额不得抵扣。员工体检费作为企业为员工提供的福利支出，属于集体福利范畴。
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医疗机构发票类型限制
医疗机构提供的医疗服务通常开具普通发票，而非增值税专用发票。即使取得专用发票，因服务性质属于个人消费或集体福利，仍无法抵扣。
三、相关税务处理说明
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企业所得税前扣除
体检费虽属于员工福利，但可在工资薪金总额14%的范围内据实扣除。- 增值税处理
因无法抵扣进项税额，企业需全额计入相关成本费用，影响当期的应纳税所得额。
四、总结
员工体检费因属于集体福利且医疗机构多开具普通发票，其进项税额无法抵扣。企业应将其作为职工福利费用在税前扣除，但需注意费用合理性及与生产经营的关联性。