腹膜后感染与脓肿若得到及时、有效的治疗，一般不会有后遗症；若治疗不及时或病情严重，可能会有以下后遗症：
- 器官功能障碍
- 泌尿系统：脓肿侵及肾脏、输尿管或膀胱时，可导致泌尿系统化脓性感染，出现尿急、尿频、脓尿等症状，长期感染可能影响肾脏功能，引起肾功能减退。
- 消化系统：急性坏死性胰腺炎并发腹膜后脓肿，可致胃肠道出血和肠瘘等，还可能引起消化功能障碍，出现消化不良、食欲不振、腹胀等症状。
- 多器官：严重的腹膜后感染与脓肿可引发机体弥漫性凝血、出血，导致肾功能衰竭甚至多器官功能障碍综合征（MODS），即使经过治疗，部分患者也可能遗留不同程度的器官功能受损。
- 局部组织粘连：炎症修复过程中，腹膜后组织和器官之间可能发生粘连。这可能导致肠道蠕动受限，引起慢性腹痛、腹胀，严重时可导致肠梗阻，出现腹痛、呕吐、腹胀、停止排气排便等症状。
- 切口相关问题：如果进行了手术切开引流，可能会出现切口感染或愈合不良的情况，表现为切口红肿、疼痛、渗液，延迟愈合或形成瘢痕，影响患者的生活质量。
- 心理问题：腹膜后感染与脓肿起病急、病情重，治疗周期可能较长，患者可能会因疾病的痛苦、对治疗效果的担忧等，产生焦虑、抑郁等心理问题，影响康复和生活质量。