新疆新生儿住院报销比例根据医疗机构等级有所不同，具体如下：

一、报销比例标准

1. 一级医疗机构

   • 起付标准：无起付限制

   • 报销比例：80%

   • 统筹基金最高支付限额：5万元

2. 二级医疗机构

   • 起付标准：300元

   • 报销比例：70%

   • 统筹基金最高支付限额：5万元

3. 三级医疗机构

   • 起付标准：500元

   • 报销比例：60%

   • 统筹基金最高支付限额：5万元

二、其他说明

• 门诊报销 ：基层医疗机构（乡镇卫生院）约50%，二级40%，三级30%。

• 大病医疗保险 ：无起付限制，支付比例通常为70%-80%（具体因地区政策差异），与住院报销比例一致。

• 补充说明 ：不同城市或地区可能存在细微差异，建议参保前咨询当地医保部门。例如乌鲁木齐一二级医院报销比例可达80%-85%，三级医院65%-70%。

三、注意事项

1. 报销需符合医保目录范围，自费药品、诊疗项目不参与报销。

2. 住院费用超过家庭累计自负额度（如1.5万元）时，可申请大病保险二次报销。

3. 新生儿需在出生后90天内参保缴费，逾期可能影响报销。

以上信息综合了2023-2025年新疆医保政策，具体以当地最新文件为准。