入职公司要求暂停城乡居民医保的主要原因如下：
一、避免重复参保
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政策规定
根据国家医保局、财政部通知，城乡居民医保的个人账户已于2020年底前取消，其待遇将向门诊统筹过渡。若同时保留城乡居民医保和职工医保，将导致重复参保，影响医保待遇享受。
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社保体系冲突
城乡居民医保与职工医保是两种不同性质的医疗保险制度，存在以下冲突：
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待遇标准差异 ：职工医保的医疗保障水平高于城乡居民医保，重复参保可能导致待遇叠加或降低；
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缴费责任不同 ：职工医保由单位和个人共同缴费，城乡居民医保完全由个人缴费。
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二、保障待遇衔接
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过渡安排
城乡居民医保取消后，原有个人账户资金将并入门诊统筹，但待遇标准会有所调整。员工需通过门诊统筹获得医疗保障，无需再单独参保。
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单位参保优先
用人单位有义务为员工缴纳职工医保，这比城乡居民医保提供更全面的保障。员工入职后，单位会自动将其纳入职工医保体系，无需再维持城乡居民医保。
三、特殊情况处理
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离职员工 ：若员工因离职而停止参保，原单位会办理社保减员手续，此时城乡居民医保将暂停；
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多地参保 ：若存在多地参保情况，需根据当地政策选择保留其中一种参保状态，避免重复缴费。
总结
入职后暂停城乡居民医保是遵循社保政策、避免重复参保的必要措施。员工若对参保状态有疑问，建议通过单位人力资源部门或当地医保经办机构咨询办理。