农村合作医疗住院费用报销流程及注意事项如下：

一、本地直接报账流程

1. 住院时直接结算

   在定点医疗机构住院时，需向医院出示新型农村合作医疗证，医院会直接与医保部门对接，完成费用报销。

2. 所需材料

   包括身份证/户口簿原件及复印件、新农合医保卡、住院病历、出院小结、费用清单、发票原件及复印件。

3. 报销比例

   • 乡镇卫生院 ：60%

   • 二级医院 ：40%

   • 三级医院 ：30%。

二、异地转诊报销流程

1. 开具转诊证明

   在本地二级及以上医院就医前，需由主治医师开具转诊证明（需加盖医院公章）。

2. 跨省就医备案

   携带转诊证明到参保地社保局或医保管理部门办理异地就医备案，明确就医城市及医院名称。

3. 垫付与报销

   • 支持异地结算 ：部分城市支持出院时直接报销，按比例垫付后多退少补；

   • 不支持异地结算 ：需携带所有材料返回参保地报销。

三、其他注意事项

1. 费用限额

   • 门诊费用报销限额为200元/年；

   • 住院费用报销设有起付标准，超过部分按比例报销。

2. 年度累计限制

   同一统筹年度内多次住院费用可累计报销，但需符合起付标准。

3. 材料审核

   报销时需提供完整材料，材料不齐需补齐。县级和乡镇机构分别进行初审核算和复核。

4. 特殊情况处理

   • 无亲属代办需提交村民委员会证明；

   • 代办需提供代办人身份证及与患者关系证明。

四、报销时间

• 出院后集中报销 ：需在出院后1年内提交材料，逾期可能影响报销。

建议办理前咨询当地医保部门，确认具体报销比例及流程，避免遗漏材料导致报销失败。