隐孢子虫病的康复时间因个体免疫状态、感染严重程度以及是否接受有效治疗等因素而异：
- 免疫功能正常者：通常呈自限性，症状一般在 2 周内自然缓解。如感染较轻，仅有轻微胃肠道不适，即便不进行特殊治疗，1 至 2 周也可能恢复正常。但如果症状较为严重，出现严重腹泻、脱水等，可能需要对症治疗，如补液、止泻等，康复时间也会相应延长，但一般也在数周内。
- 免疫功能缺陷者：例如艾滋病患者、接受免疫抑制剂治疗者等，感染隐孢子虫后病情往往较重，腹泻程度严重，常表现为霍乱样水泻或喷射性水样泻，体液丢失严重。病程可持续数月，甚至数年，病死率也较高。如果免疫缺陷状态得不到改善，感染通常难以控制，超过一半的患者可发展成慢性疾病，约 10% 的患者会出现暴发性疾病并可最终导致死亡。不过，若能针对基础疾病进行有效治疗，如艾滋病患者接受高效抗逆转录病毒治疗，使免疫功能得到重建，同时辅以抗隐孢子虫治疗和对症支持治疗，病情有可能得到缓解，康复时间则视免疫重建情况和治疗效果而定。
- 儿童：尤其是营养不良的儿童，感染隐孢子虫病后症状可能较重，恢复时间也可能较长，一般需要数周甚至数月。这是因为儿童的免疫系统尚未发育完善，且营养不良会进一步削弱其免疫力，不利于对抗寄生虫感染。
总体而言，隐孢子虫病的康复时间差异较大，短则数天，长则数月甚至数年。如果怀疑感染隐孢子虫病，应及时就医，以便明确诊断并采取相应的治疗措施。患者在治疗期间要注意休息、补充水分和营养，以促进身体恢复。