新生儿先天性胆道闭锁的形成原因较为复杂，目前尚未完全明确，可能与以下因素有关：
- 胚胎发育异常：在胚胎早期，原始胆管形成后，上皮细胞增值填塞胆管，随后应发生空泡化并相互融合贯通形成胆道系统。若胚胎期 2-3 个月时发育障碍，胆管无空泡化或空泡化不完全，可形成胆道全部或部分闭锁。染色体异常、代谢异常等也可能影响正常胆管发育，导致先天性胆道闭锁。
- 病毒感染：胎儿在出生前后，孕妇宫内病毒感染可导致胆管发生炎症，出现胆道纤维化，最后闭塞。常见的病毒有巨细胞病毒、轮状病毒、呼吸道病毒等。
- 遗传因素：有研究表明，某些基因突变与新生儿先天性胆道闭锁有关。一些先天性疾病，如先天性胆管囊肿、多囊肝、肝纤维化等，可能增加患上胆道闭锁的风险。
- 免疫因素：患儿体内巨细胞数量增多，自身免疫细胞攻击胆道上皮细胞，导致肝内胆管变性。患儿的免疫细胞也会攻击发育异常的胆管上皮细胞，最终导致胆道闭锁。
- 肝外胆道血供异常：由于肝外胆道血供出现问题，导致胆道损伤扩大化，胆道病变由纤维化、炎性病变最终进展为胆道闭锁。
- 其他因素：母亲妊娠期间糖尿病、胆道感染、药物滥用等可能增加出生缺陷的风险。孕妇接触大量毒物或药物，如四环素和利福平，可能造成宝宝胆道系统的发育畸形。母亲妊娠期受射线辐射、营养状况不良或发生早产等，也都有可能诱发新生儿先天性胆道闭锁。