肺隔离症的处理方法主要有以下几种：

• 手术治疗：是肺隔离症的主要治疗方法。
  • 胸腔镜微创手术：目前多采用此术式，具有创伤小、恢复快等优点，已成为首选方式。手术关键是完整处理异常血管，切除病变肺组织，以达到根治目的。对于叶内型肺隔离症，由于常合并严重感染，患肺常粘连在胸壁上，分离粘连时要注意异常动脉，异常动脉多存在于肺韧带中，偶尔有来自腹主动脉的异常动脉，处理不当可造成术中及术后致命大出血。叶外型肺隔离症可行隔离肺切除，也多采用肺叶切除，手术中要特别注意寻找和处理异常血管，尤其是处理下肺韧带时更要小心，一旦异常血管损伤退缩回腹腔或纵隔内，会造成大出血，处理较为困难。
  • 流域法精准切除术：是一种新的治疗方式，通过现代影像学的三维重建技术，结合 “流域法” 分析，可明确隔离肺组织边界，精准切除隔离肺组织，不损伤正常肺组织，保留患者肺功能；还具有不需开胸，精准微创腔镜即可治疗，术中精准阻断隔离肺支配血管，降低术中术后出血风险，创伤小，术后并发症少、漏气风险低，减少住院时间，降低感染发生率等优点。
• 介入治疗：通过栓塞迷走供血动脉，切断血流，使隔离的肺组织缺血、变性、萎缩，炎症逐渐消散吸收，从而消除感染源头，避免肺部感染反复发作。与传统手术相比，介入治疗是一种安全可替代开胸手术的新型无创型治疗方法，但目前主要局限于新生儿和儿童患者的治疗，成人患者较少。
• 药物治疗：主要是对症治疗。有感染症状时，可服用阿莫西林胶囊、青霉素 V 片、地红霉素肠溶胶囊、复方头孢克洛胶囊等抗生素进行抗感染治疗；出现持续发热症状时，可服用阿司匹林肠溶片、吲哚美辛胶囊、布洛芬缓释胶囊等药物进行退热治疗。
• 一般治疗：包括呼吸护理，促进患者痰液排出；避免剧烈运动，减少氧气消耗；戒烟，减少或避免吸入二手烟，减少对气管、肺组织的进一步损伤。

对于产前超声扫描发现的肺隔离症，大多数可在产后根据病情进行治疗，伴羊水过多者，需进行产前治疗。叶外型隔离症患者若无任何症状，可暂不行手术，但需密切观察。