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根据国家医保局的相关政策，药店费用是否与医保局结算需根据具体情况判断，主要分为以下几种情况：

一、医保基金直接结算的适用范围

1. 药品及部分医疗服务的直接结算

参保人员持医保卡在定点零售药店购买医保目录内的药品、医疗器械、医用耗材等，医保基金与药店直接结算，参保人仅需支付个人自付部分。

2. 门诊慢特病、住院等费用结算

包括普通门诊、门诊慢特病、住院、生育、药店购药等费用均纳入即时结算范围，缓解药店垫付资金压力。

二、结算流程与时间

• 即时结算流程 ：通过POS机刷卡或线上平台（APP/电脑网站）完成，医保部门直接与药店账户结算，缩短了30个工作日的结算周期。

• 分阶段推进 ：2025年1-5月为全国试点阶段，其他省份可后续跟进。

三、特殊类型药店的结算要求

1. 药品采购平台限制

2025年1月1日起，全省医保住院结算类型的定点药店若未在省级药品平台线上采购药品，相关费用将无法上传和结算。

2. 个人账户使用范围扩展

改革后个人账户可支付医保目录内药品、医疗器械、医用耗材等费用，不再仅限药品。

四、注意事项

• 药店资质要求 ：需为医保部门审核批准的定点药店，且需开通医保结算功能。

• 费用类型限制 ：自费药、超出医保目录的费用无法结算，仅限甲类全医保、乙类部分报销。

综上，药店费用能否与医保局结算需结合药品类型、药店资质及结算政策综合判断，确保符合医保目录及当地医保局规定。