农村合作医疗保险和社保的主要区别如下：
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参保对象不同：农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民，社保参保对象为在职职工或城镇居民。
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保障期限不同：农村合作医疗保险是交一年保一年，社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。
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报销比例不同：农村合作医疗保险报销比例较低，而社保中的医疗保险报销比例较高。
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有无个人医保账户：农村合作医疗保险是没有个人医保账户的，社保中的医疗保险有个人医保账户。
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覆盖人群不同：农村医保只有农民才可以参加，社保是用人单位和个人缴费建立的医疗保险基金，是国家为了补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度。乡镇企业以及职工、城镇个体经济组织业主及其从业人员也要纳入基本医疗保险范围内。
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缴费方式不同：新型农村合作医疗是农民自愿参加，农民个人每年缴费标准不能采取个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的方式筹集资金。社保的参保人除了享受个人账户费用门诊包干，还可以享受住院医疗，大病的补助以及特殊病种医疗费用的包干待遇，听起来优惠好多，与农村合作医疗采用不同的是，城镇职工医疗保险实行的是统账结合的方式。
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待遇不同：社保的参保人除了享受个人账户费用门诊包干，还可以享受住院医疗，大病的补助以及特殊病种医疗费用的包干待遇。新型农村合作医疗费用补助，在不同级别的医疗机构补助费用也是不同的。
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系统管理不同：新农合是卫生局的业务，而城镇医保属于社保系统管。
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筹资水平不同：城镇职工医保政策范围内住院费用报销比例达80%以上，城镇居民医保和新农合政策范围内住院费用报销比例分别达70%左右和75%左右。
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报销上的差别：新农合参合农民的个人账户的钱，目前可以在自己县区的基层医疗机构使用，却没办法像医保卡一样随时刷卡。而城镇医保是在各个区域方便，可随时报销，如果跨区域看病的话，还需先到医保部门备案，自费后再报销。
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形式不同：农村合作医疗由国家政策牵头，并由当地的政府组织、引导的一种医疗保障体系，一般农民多为自愿加入。社保指用人单位给予劳动者的几种保障性待遇的合称，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险。
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保障力度不同：新农合基金由于是多方筹资的关系，所以在保障力度上还稍稍欠缺了点。社保实行“低水平、广覆盖”的特点，因此一经参保，标准都是统一享受的。
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缴费方式不同：新农合个人承担为主，国家会给予一定的补贴。各地标准不一，每年都会在特定的时间收取费用。社保的用人单位缴费率应该控制在职工工资总额的6%左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。
农村合作医疗保险和社保在多个方面存在显著差异。了解这些区别有助于人们根据自己的实际情况选择合适的医疗保险。
