根据最新医保政策，使用个人医保余额在药店购药是否计入门槛费，需根据具体情况判断：

一、医保个人账户直接支付的情况

1. 支持直接刷卡支付

   医保个人账户余额可用于在定点零售药店购买医保目录内的药品和医用器械耗材（如口罩、温度计等），且 无需先自费满额 ，系统会自动按比例报销。

2. 取消门槛线的政策影响

   多地医保部门已逐步取消个人账户在药店购药的门槛线，例如：

   • 武汉市自2023年10月起取消500元门槛，医保个账余额可全额用于合规购药；

   • 深圳市自2023年10月起取消非处方药及家庭成员共济使用的门槛线。

二、可能存在的特殊情形

1. 门诊统筹的起付标准

   若涉及门诊统筹报销，需注意医保起付标准（如200元）和年度清零机制。但个人账户余额用于直接支付药品时， 不与门诊统筹的起付标准叠加 ，即先用个人账户支付，超出部分再按比例报销。

2. 慢性病特殊待遇

   符合条件的慢特病患者，在基层医疗机构开具的长处方药品，可享受95%的报销比例，且 无需支付门槛费 ，直接纳入医保报销范围。

三、建议与注意事项

• 确认药品目录 ：部分药品需在医保目录内，若药品不在目录则无法报销；

• 及时咨询 ：不同城市政策存在差异，建议通过当地医保部门或定点药店确认具体细则。

综上， 正常使用医保个人账户购药无需计入门槛费 ，但需注意政策适用范围及特殊病种的报销规则。