根据现有政策，东莞社保在深圳的住院报销需根据参保类型和就医地规定办理，具体如下：

一、直接报销条件与比例

1. 参保类型限制

   • 深圳本地户籍或深圳参保人员 ：在深圳定点医院住院可按深圳医保报销（一档约80%-75%、二档60%-70%、三档45%-55%）。

   • 非深圳户籍但持有深圳社保人员 ：需办理异地就医备案，非急诊住院报销比例降低40%。

2. 报销比例差异

   • 深圳本地就医 ：一档80%-75%、二档60%-70%、三档45%-55%。

   • 非深圳就医 ：三档报销比例降低40%。

二、报销流程与材料

1. 材料准备

   • 出院时需提供：身份证（或户口本）、新农合医疗证、病历复印件、住院结算单（发票形式）、费用清单、转诊备案手续。

   • 若为异地就医，还需提供异地就医备案证明。

2. 报销时效

   • 需在出院后 30日内 办理报销手续，逾期可能影响报销。

三、特殊情况处理

1. 未办理转诊证明

   • 若出院时未办理转诊证明，需联系东莞社保部门说明情况，确认是否可补办或通过其他途径报销。

2. 门诊费用报销

   • 门诊费用需先扣除个人账户，剩余部分按比例报销；住院费用在出院结算时直接扣除可报销金额。

四、注意事项

• 异地就医备案 ：建议提前通过深圳医保官网或线下机构办理异地就医备案，避免影响报销。

• 社保卡使用 ：非深圳户籍人员需确认社保类型（如综合医疗、住院保险等），部分药品或检查项目可能不在报销范围内。

若材料齐全且符合条件，可携带上述文件至深圳参保地医保经办机构办理报销。若遇特殊情况，建议及时联系东莞社保部门咨询解决方案。