根据搜索材料和我自身的知识，以下是几种可能的原因及解决方法：

可能原因

1. 1.系统更新延迟：考试系统与交管12123系统之间的数据同步可能存在延迟。通常情况下，成绩会在1-3天内更新到交管12123系统中
2. 2.未现场签字确认：考试结束后，如果未在现场签字确认成绩，系统可能无法正确记录你的成绩，导致12123显示不合格
3. 3.系统故障或数据录入错误：偶尔，电脑系统可能出现故障或错误，导致考试成绩未能正确录入或显示
4. 4.成绩未及时上传：考试结束后，考场工作人员可能未及时将成绩上传到交管系统，导致12123显示不合格

解决方法

1.等待并刷新： 如果你刚刚考完试，建议等待1-3天，然后再次登录交管12123查询成绩。通常情况下，成绩会在这个时间段内更新

2.联系驾校或车管所： 如果等待一段时间后，成绩仍然显示不合格，建议联系你的驾校或当地车管所，询问具体情况。他们可以帮你查询成绩并确认是否需要重新上传数据

3.现场确认签字： 确保你在考试结束后已经在成绩单上签字确认。如果未签字，及时联系考场或驾校，询问是否可以补签或重新确认成绩

4.使用自助签名机： 如果使用自助签名机，确保你已经点击了“确认签名”按钮。没有点击确认按钮，成绩可能不会被上传

5.重新注册或更新信息： 有时，删除账号后重新注册并更新身份证有效期等信息，可以解决显示不合格的问题

总结

总的来说，科目三考试合格但12123显示不合格的情况，大多数是由于系统更新延迟或数据未及时上传导致的。建议你先耐心等待一段时间，如果问题仍然存在，及时联系驾校或车管所获取帮助。