医保报销中三甲医院和二甲医院的区别主要体现在以下方面：

• 报销比例：通常情况下，二甲医院的报销比例会高于三甲医院。以珠海为例，职工医保住院报销比例为一级医院 94%，二级医院 93%，三级医院 92%，统账结合退休人员各级医院报销比例为 95%；居民医保参保人员住院报销比例各级医院均为 90%。而在其他一些地区，如江西，居民医保在二级医疗机构报销比例为 80%，三级医疗机构报销比例为 60%。
• 起付线：一般来说，三甲医院的起付线会比二甲医院高。如有的地区规定二甲医院起付线为 600 元，三甲医院起付线为 800 元。不过，不同地区不同医保类型的起付线标准有所差异。
• 报销范围：医保报销范围由药品目录、诊疗项目和医疗服务设施 “三大目录” 决定，理论上二甲医院和三甲医院在这些方面没有本质区别，均需符合医保政策规定的范围。但实际中，三甲医院可能因医疗技术更先进、设备更齐全，开展的诊疗项目更多，使用的药品和材料种类更丰富，所以在目录内项目的使用上可能会有一些差异，但总体上差异不大。

在一些特殊情况下，如异地就医、转诊等，三甲医院和二甲医院的报销规定可能会有所不同。具体的医保报销政策因地区而异，患者在就医前可咨询当地医保部门或医院的医保窗口，以了解详细的报销信息。