蛀牙掉了只剩根部不拔的危害包括：牙根尖周炎、根尖周囊肿、牙槽骨吸收、牙龈炎、牙齿移位、咀嚼功能降低、全身性疾病风险增加。

牙根如果不拔除，可能会引起牙根尖周炎症，导致根尖区牙槽骨内有炎性渗出物，牙槽骨吸收缺损，烂牙根周出现脓液引起长期肿痛不适。牙根不拔除会导致口内牙列紊乱，使对颌牙齿伸长，两侧相邻牙齿向烂根处倾斜，导致整个咬合关系的紊乱，给以后的镶牙带来很大困难。如果有牙根，建议尽快及早拔除，进行有效镶复，使得能恢复有效的口腔咀嚼功能。由于烂牙根内长期有感染或病原刺激物存在，根尖周围组织会呈现慢性炎症反应。根尖逐渐形成肉芽组织，根部的牙槽骨遭到破坏。由于根尖的肉芽组织内含有发育期留下的剩余上皮，当上皮团块中心缺氧时，上皮会发生坏死液化，进而形成囊腔，最终形成囊肿。所以当烂牙根不起作用的时候，要及时拔除，以免形成囊肿。在身体免疫力低下时烂牙根尖的致病细菌数量和毒力会增大，导致疼痛加剧，感染扩散到面部软组织间隙内，使面部肿胀、疼痛，还会引起菌血症。残留牙根不拔除会影响新牙的生长，同时还会滋生细菌造成感染引发牙疾病。牙齿剩下残根，牙齿的髓腔、根管就暴露于口腔的有菌环境之中，细菌可以通过根管而到达根尖，形成根尖周围炎，使牙齿成为病灶牙，引起口臭，身体抵抗力弱时，还可以引起全身的其它疾病，可以引起胃炎，严重的可以引起心脏病。残根继续发展，不断剌激粘膜，口腔粘膜甚至可能恶变，有形成口腔癌的可能。残根不能利用时，只有尽快拔除，才对身体有利。蛀牙不拔掉,除了极个别因为某些致病因素去除,而形成静止龋之外,绝大多数的龋病都会进一步发展,由浅龋、中龋到深龋,再到可复性牙髓炎,引起牙体疼痛,然后会形成慢性牙髓炎、慢性根尖周炎,造成牙冠的大范围龋坏,最终累及牙根而造成整体的患牙缺失。