生育保险备案晚了的处理方式需根据具体情况和当地政策而定，以下是综合建议：

一、及时补办备案

1. 材料准备

   需提交怀孕证明、医院诊断证明、准生证等材料，以及填写完整的备案表格。

2. 补办流程

   • 线上补办 ：通过当地社保部门官网或官方APP提交材料。

   • 线下补办 ：前往社保部门窗口办理，部分地区需提前电话咨询确认。

3. 时效要求

   多数地区要求在怀孕后150天内完成备案，但具体以当地规定为准。

二、申请特殊待遇

若因疾病、残疾等特殊原因无法及时备案，可申请特殊待遇：

1. 协商确认

   向社保部门说明情况，提供相关证明材料（如诊断书、病历等），协商确定可享受的待遇（如医疗费用报销比例调整）。

2. 法律途径

   若协商无果，可咨询律师，通过劳动仲裁或诉讼维护权益。

三、其他注意事项

1. 费用承担

   生育保险费用由用人单位缴纳，职工无需缴费。

2. 报销时效

   生育津贴需在产假结束前30日内提交报销申请，逾期可能影响待遇领取。

3. 地区差异

   不同城市对备案时间、所需材料等规定可能不同，建议提前咨询当地社保部门。

四、法律依据

根据《社会保险法》相关规定：

• 用人单位未按时缴纳社保费的，职工可要求补缴或投诉；

• 生育保险待遇包括医疗费用和津贴，需符合参保条件。

建议优先通过社保部门官方渠道补办备案，若遇阻碍可结合医疗证明申请特殊待遇。若超过法定时效且无法补办，可咨询专业机构获取进一步帮助。