一、可能原因分析

1. ​正常情况
   若离职后公司补发工资，但扣除三险一金、专项附加扣除等后应纳税所得额为0，系统会显示零申报。这种情况无需处理。

2. ​异常情况

   • 公司可能虚列人员、虚增成本，利用离职员工身份进行零申报以调节税负。
   • 财务人员操作失误，未及时将离职员工状态改为“非正常”。

二、处理建议

1. ​与公司沟通
   联系原公司财务或人事部门，确认申报原因并要求更正。若属操作失误，需及时修正员工状态。

2. ​收集证据
   保存离职证明、工资流水、工作交接记录等材料，证明离职后无收入往来。

3. ​税务申诉

   • 通过个人所得税APP或自然人电子税务局提交申诉，说明实际情况。
   • 若公司存在虚假申报，可向税务机关举报。

三、注意事项

1. ​长期零申报风险
   连续3个月零申报可能被系统标记为异常，触发税务稽查，影响公司信用评分及发票额度。

2. ​离职人员系统处理
   企业应在员工离职当月及时在个税系统中将其状态调整为“非正常”，避免后续误操作。

四、法律依据
根据《中华人民共和国税收征收管理法》，纳税人需如实申报。若公司虚假申报，税务机关将依法处理，可能涉及滞纳金或罚款。

建议尽快核实情况并采取相应措施，维护个人税务记录的准确性。