高通量透析虽然在清除大分子及中分子毒性物质方面具有显著优势，但也存在以下缺点：

1. 反超滤现象：由于高通量透析器的滤过系数大，膜孔大，水和溶质非常容易通过。当血液侧的压力低于透析液侧时，会出现反超滤现象，导致透析患者透析后的体重增加112。

2. 内毒素入血：高通量透析器的孔径大，内毒素容易通过透析器的膜进入血液，引起患者出现发热反应312。

3. 低血压：由于滤器孔径大，体内水分可能快速脱出，导致病人出现低血压。临床上可以看到病人出汗或有惊慌感等312。

4. 营养丧失：因为滤器孔径大，营养物质容易被排出，导致病人营养不良3。

5. 脱水效率下降：高通量透析常采用较大孔径的滤器，水可以快速在其中进入或者出去，容易导致脱水效率下降，甚至无法脱水3。

6. 高敏反应：有报道称使用某些高通量透析膜的患者可能发生高敏反应，甚至危及生命10。

7. 价格高：高通量透析器的价格通常高于普通透析器，这可能限制了其在临床上的广泛应用10。

8. 致热源反应：透析液中的某些细菌污染产物可能通过高通量透析膜进入血液循环，产生严重后果10。

这些缺点需要在临床应用中加以注意和管理，以确保患者的安全和治疗效果。